Seorang pengurus, Gerets telah menjadi pengurus di kelab FC Liège, Lierse SK, Club Brugge, PSV Eindhoven, 1. FC Kaiserslautern dan VfL Wolfsburg sebelum sertai Galatasaray SK pada penghujung musim 2004-05. Pada Mei 2007, beliua meninggalkan kelab Turki it udan pada 25 September, beliau menjadi jurulatih Olympique de Marseille.

Pada tahun pertamanya di Marseille pada 2007, beliau berjaya membawa pasukannya ke tangga teratas liga sebelum menamatkan musim 2007-08 di tempat ketiga. Pada 29 April 2009, beliau mengesahkan tidak melanjutkan kontraknya di Marseille selepas musim panas semasa kontraknya tamat. Pada 26 Mei 2009, beliau menandatangani kontrak untuk mengambil alih sebagai ketua jurulatih kelab Arab Saudi, Al-Hilal selama dua tahun dengan bayaran 1.8 juta euro. Pada 6 Julai 2010, beliau menandatangani kontrak empat tahun untuk menjadi jurulatih pasukan kebangsaan Maghribi. Beliau menjadi jurulatih Maghribi selama dua tahun dan dipecat pada 15 September 2012 selepas Maghribi tewas 2-0 kepada Mozambique pada perlawanan pertama kelayakan Piala Negara-Negara Afrika 2013.

Kurang sebulan meninggalkan Maghribi, beliau bersetuju untuk menjadi ketua jurulatih juara bertahan Qatar, Lekhwiya pada 9 Oktober 2012. Eric Gerets meninggalkan Lekhwiya dan menjadi jurulatih pasukan Emiriah Arab Bersatu, Al Jazira Club pada 20 Mei 2014.